Le XVe siècle apporte de grands changements et embellissements à l'église. On y ajoute les chapelles du côté du nord. Surtout on élève un grand carré de cinq étages marqué par des bandeaux de pierre, flanqué d'une tourelle qui permet d'accéder au sommet.
C'est l'édifice que nous voyons actuellement (sauf la toiture du clocher beffroi modifiée trente ans plus tard et le porche légèrement modifié au XVIIIème siècle). C'est un vaste vaisseau de 46 m de long avec un transept de 32 m, largement débordant, le tout sur une hauteur de plus de 15 m (dimensions intérieures). En 1633 l'église est consacrée par l'évêque Philippe Patornay.
On pénètre dans l'édifice par une porte latérale, la disposition classique d'une église, ouverture à l'ouest dans l'axe de la nef n'a pas été respectée car le seul accès possible était au nord à l'abri des remparts. En 1716 l'archevêque Francis Joseph de Gramont a bien demandé que soit ouverte une porte au bas de la nef afin d'embrasser d'un seul coup d’œil la beauté de l'édifice, le projet n'a pas été réalisé faute d'argent ou à cause du problème posé par la tribune de l'orgue.
Dans la nef on découvre cinq travées principales auxquelles s'ajoutent à l'ouest celle de la tribune de l'orgue et à l'est un chœur clos par une abside à trois pans. La nef est bordée d'étroits collatéraux qui sont raccordés au nord aux chapelles préexistantes du XVème. Par contre au sud les chapelles ont été construites avec l'ensemble du début XVIIème.
Le transept, large et débordant, comprend deux travées à chaque bras. Il est pratiquement au milieu du vaisseau et, par l'ampleur de ses proportions, il équilibre celles de l'axe principal et affirme hautement le plan cruciforme de l'église.
Le chœur est pavé d'un dallage en brocatelle de Molinges (39), fermé par une grille en fer forgé datée de 1749, bordé de deux rangées de stalles exécutées en 1716.
Les deux tableaux représentent l'un le roi David et sa harpe, l'autre sainte Cécile patronne des musiciens.
Enfin on remarquera parmi les plus beaux objets mobiliers de l'église le lutrin en bois sculpté du XVIIème représentant l'aigle à deux têtes couronnées et aux ailes déployées.
A l'opposé du chœur, au fond de la nef, rompant la continuité de la balustrade des tribunes, se trouve un orgue placé là en 1724 par Marin Carrouge d'Ornans (25). Il avait été préalablement installé par un facteur inconnu du XVIIème dans un jubé (détruit depuis) qui surplombait le chœur.
Il a été construit pour cette église comme en témoigne les trois épis d'or qui ornent le buffet et qui rappellent des armoiries d'Orgelet.
Bien que de dimensions modestes (un seul clavier, pédalier à la française) il est plein d'intérêt car il conserve une bonne partie de son matériel primitif notamment les tuyaux de métal de la façade. C'est le plus ancien des orgues en service dans le Jura. Il a été l'objet d'une réfection en 1765 par le célèbre organiste suisse Samson Scherrer et reste le seul témoin en France des oeuvres de cet artiste. D'importants travaux d'aménagement ont été effectués en 1987.
Les vitraux représentent la vierge patronne de la paroisse et les saints Pierre et Paul. Ils datent de 1879 comme ceux du transept.
Le carrelage médiéval a été découvert en 1975 lors des fouilles du château. Il constituait sans doute le sol de la salle d'audience du château des seigneurs d'Orgelet. C'est le plus magnifique témoin de la forteresse qui dominait Orgelet et un inestimable ouvrage d'art. Il est daté de la fin du XIIIème siècle. Il comprend environ 3000 carreaux et couvre à peu prêt 50 m2. Le carrelage primitif a subi deux réparations, en bas à droite et en haut à gauche.
Enfin, en hauteur et dominant l'assemblée, la poutre de gloire portant un calvaire (Vierge et St Jean) a retrouvé sa place initiale. Il avait été installé provisoirement dans le bras gauche du transept.
Pour mieux connaitre la ville d'Orgelet cliquez sur:
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René JV pour monjura.actifforum.com, le 6 février 2007
Photos: 
René JV - 2000 - 2005.
mp3: "Sonate n° 6" - Mendelsshohn
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